Les levures occupent une place centrale dans l’histoire de l’alimentation humaine, notamment au travers de la production de boissons alcoolisées telles que le vin, la bière, ou le cidre. Pendant des siècles ces productions ont reposé sur des fermentations spontanées mettant en œuvre des communautés microbiennes complexes. Depuis 50 ans, ces pratiques ont été supplantées en grande partie par l’inoculation avec des levures sélectionnées. Cela a été le cas en œnologie où l’utilisation de souches de Saccharomyces cerevisiae aptes à conduire les fermentations à terme et à former les arômes souhaités s’est imposée. Ces pratiques ont contribué à améliorer la maîtrise des vinifications et la qualité des vins.
Résultat d’une longue adaptation aux milieux fermentaires S. cerevisiae a été l’objet de toutes les attentions. L’analyse de leur génome a mis en évidence l’empreinte des pratiques humaines ainsi que les signatures de l’adaptation aux différents contextes industriels, qu’ils soient œnologiques, brassicoles, ou associés à d‘autres fermentations.
Dans le cas du vin, ces travaux révèlent que l’évolution des génomes des levures est intimement liée à l’écosystème œnologique, façonné par les interactions entre le vignoble et le chai. Au sein de ce continuum écologique, les insectes jouent un rôle clé comme vecteur de transport et de la dissémination des microorganismes.